Pendant la guerre, Saint Charles vit des temps difficiles. Le ravitaillement devenant difficile, le nombre des pensionnaires tombe à une quinzaine. Pendant toute cette période et dans les années qui suivent, l’enseignement religieux est assuré dans chaque classe, par la responsable de classe.

En 1941, l’institution Saint-Charles a le privilège d’avoir la visite de l’Abbé Pierre (photo ci-dessus).